初代JOJO（乔纳森·乔斯达）的父亲乔治·乔斯达收留了其“救命恩人”的儿子，一个名叫迪奥·布兰度的孤儿，抚养他成人，但迪奥图谋JOJO家族的财产，想要用慢性毒药谋杀乔治先生。在乔纳森查明真相导致事情败露之后，迪奥为了得到更强大的力量，不惜戴上神秘的石鬼面，成为了不老不死的吸血鬼，波纹与吸血鬼的战斗就此展开
故事的最后，历经数月的斗争，乔纳森用生命最后的一点微弱波纹控制了其手下尸生人，让游轮发生爆炸，与迪奥“同归于尽”，可乔家与dio的宿命纠缠才刚刚拉开帷幕......
“人类的赞歌就是勇气的赞歌！”
在二十世纪三、四十年代的纽约乔纳森·乔斯达的孙子乔瑟夫·乔斯达，又遇上了新的敌人：史前强大生物-柱之男。柱之男中的卡兹是创造石鬼面的元凶，他创造石鬼面的目的是为了获得更加强大的力量，但是因为缺少超级艾哲红石，戴上石鬼面的生物只能变成被他们当成食物的吸血鬼。
为了自己的先祖们（乔瑟夫·乔斯达的祖父乔纳森·乔斯达，以及父亲乔治·乔斯达二世，西撒·安东尼·齐贝林的祖父威廉·A·齐贝林和他的父亲马利奥·齐贝林），乔瑟夫和西撒两人在威尼斯拜访波纹老师丽莎丽莎进行波纹气功的特训，这是可以用来对抗柱之男的武器。为了自己所重视的一切，乔瑟夫等人与柱之男之间展开了战斗......
“我尽量避免战斗，但我绝不逃避！”
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时为1987年，乔斯达家的宿敌·迪奥（DIO）复活了。乔瑟夫·乔斯达为了帮助“被恶灵附身”的外孙子·空条承太郎而来到了日本，发现那并不是恶灵而是“幽波纹（替身）”。原来，从跨越100年的长眠中苏醒过来的吸血鬼·DIO是替身出现的原因，也与乔斯达家有着令人忌讳的因缘。
乔斯达家与DIO的因缘要追溯到19世纪。乔纳森·乔斯达与DIO决战后的一百年，DIO复活了。同时，乔瑟夫的外孙承太郎发现自己有替身能力，而DIO的复活影响了已有替身抵抗能力的母亲荷莉，使其陷入病危。为了拯救母亲，承太郎、乔瑟夫与伙伴们一起踏上了打倒DIO的旅程。
香港、新加坡、印度、巴基斯坦、红海......千里之行，强敌不断，只为抵达DIO的宅邸，为这一百年来的恩怨做了了结......
“DIO，你失败的原因只有一个——你把我惹火了”
承太郎为了探寻外公乔瑟夫·乔斯达的秘密，来到了宁静的日本小城镇杜王町。在这里，他意外地找到了自己的舅舅——一个看似平凡的高中生东方仗助。然而，他们很快发现， 这个小镇并不平静，因为迪奥·布兰度所遗留下的“弓和箭”正悄然引发着一系列诡异事件。
随着调查的深入，他们逐渐揭开了隐藏在杜王町背后的黑暗秘密。一个名叫吉良吉影的杀人犯悄然出现，他以完美的伪装和狡猾的手段，在小镇上制造了一起又一起恐怖的杀人案件。吉良吉影表面上是一个优秀的上班族，但实际上却是一个拥有扭曲心理的杀人狂，有着将被害者杀死后收集他们指甲和手腕的诡异癖好。
面对吉良吉影的威胁，东方仗助作为杜王町的一员，毅然决然地站了出来。他利用自己觉醒的“替身”能力，誓死 守护这个他出生和成长的地方。在与吉良吉影的对峙中，东方仗助不断挖掘自己的潜力，与承太郎等人携手，共同诠释小镇中的“黄金精神......
“凝聚起的力量，连时间也可以超越！”
住在意大利那不勒斯的青年乔鲁诺·乔巴纳，是继承了乔斯达家宿敌·DIO之血脉的儿子。 幼年时遭受迫害而自暴自弃的他，由于拯救了一名黑帮男子，而学到了“相信他人”。不忘恩义、带着敬意对待自己的黑帮，让他的心变得率直。就这样，乔鲁诺开始对“黑帮明星”怀有憧憬
乔鲁诺加入了当地著名的黑帮组织“Passion”，却发现组织的Boss暗自操控整个那不勒斯的毒品行业，甚至亲眼目击其对孩童伸出毒手，反叛的种子在心中种下。乔鲁诺结识了一群志同道合的朋友，也逐渐深入组织内部。
终于，乔鲁诺一行接到了护送Boss女儿的绝密任务，得以接近Passion的核心。可在得知老板的目的是亲手杀掉女儿以隐藏身份时，乔鲁诺再也无法忍受，吹响反叛的号角......
“所谓觉悟，就是在漆黑的荒野上，开辟出一条理应前进的道路”
空条徐伦，空条承太郎的女儿，因被冤枉而入狱。在监狱中，她不仅努力洗清自己的冤屈，还逐渐揭开了隐藏在监狱深处的秘密，这一切都与她的父亲空条承太郎的命运紧密相连。
徐伦在监狱中结识了艾梅斯、F.F、安娜苏、安波里欧等人，他们成为了徐伦的伙伴和战友。与此同时，徐伦觉醒了自己的替身能力“石之自由”，渴望逃出监狱、获得自由。
然而，这一切都在普奇神父的计划之中。普奇神父是徐伦父亲的宿敌DIO的朋友，他企图通过让“全人类幸福”这一普世大爱来实现自己的野心。为了达成这一目的，他设法让徐伦入狱，并埋伏在前来探监的承太郎身边，夺走了他的记忆和替身能力。为了父亲，也为了自由，徐伦鼓起勇气直面乔家纠缠百年的宿命......
“我必将在这片石之海中重获自由！”
1890年，一场名为“SBR”的世纪大赛在美国拉开帷幕。这场全长6000公里的比赛是人类史上第一场骑乘马匹横越北美大陆的比赛，参赛者们为了高达5千万美元（60亿日元）的冠军奖金，展开了一场惊心动魄的争夺战。
故事的主角是乔尼·乔斯达，一个因自己的傲慢引发事故而下身瘫痪的曾经的天才骑手。为了寻找能够使自己康复的圣人遗体，以及揭开隐藏在铁球上的秘密，他邂逅了来自欧洲的死刑执行官世家长子杰洛·齐贝林，并与其结成搭档，共同参加SBR大赛。
随着比赛的深入，乔尼和杰洛逐渐揭开了圣人遗体的秘密，以及隐藏在SBR大赛背后的巨大阴谋。原来，这场大赛是由时任美国总统（虚构）瓦伦泰为了收集散落的圣人遗体而举办的，他企图利用遗体的力量来实现自己复兴国家的野望，一场关于“孰为正义，孰为邪恶”的斗争就此展开......
“Lesson 5!最短的捷径就是绕远路，绕远路就是我最短的捷径！”
这次的故事发生在平行世界的杜王町，主角是东方定助，一个拥有四个蛋（即四个睾丸，因身体融合而成）的失忆男子。他在一个神秘的海沟中出现，被东方家收养，并逐渐展开了一系列冒险。
定助在东方家发现了与吉良吉影相同的标记，并了解到吉良与东方家有血缘关系。随着故事的深入，定助逐渐找回了自己的记忆，并发现了自己与吉良吉影、空条仗世文之间的复杂联系。原来，他是吉良吉影与空条仗世文因洛卡卡卡果实而融合后的产物。
在冒险过程中，定助结识了康穗等伙伴，并一起面对了各种挑战和敌人。他们围绕着定助的身世之谜，展开了一系列惊心动魄，颇带有悬疑气氛的小镇冒险故事......一切，都会是命中注定吗？
“正因为南海的飞鱼跃出海面，我们才会相聚于此。”
